一、醫療爭議的鑑定方式有三種:
(一)醫療鑑定:進入訴訟後,由司法機關委託衛生署醫審會或醫學中心,判斷醫師在執行醫療行為是否有疏失。這是最主要且常見的醫糾鑑定方式。
(二)解剖鑑定:一種是檢察官為釐清死者死因以查有無犯罪之嫌疑,而由法醫解剖屍體後,根據紀錄肉眼所見的病理及送交檢驗室後的結果所做的司法解剖。另種則為醫院為病理研究之用以了解疾病成因,經家屬同意所做的病理解剖。
(三)藥理生化鑑定:用實驗室所作的血液、尿液或組織檢驗結果,以釐清相關爭議。

二、透過醫療鑑定是協助釐清醫糾、解決爭議的重要機制。但現行台灣的醫糾鑑定卻存在以下問題:
(一)鑑定無門:衛生署醫審會只接受司法機關委託,民眾也難直接委託醫學中心鑑定。導致民眾如果不走司法途徑,根本不知道該找誰協助鑑定或幫忙釐清問題。
(二)鑑定品質:鑑定結果未必令人信服、意見不明確、同一案的民事或刑事鑑定結果差異大(刑事鑑定標準較嚴格,結果往往較保守)。
(三)民眾舉證難或擔心醫醫相護:鑑定機關只依據病家或司法機關所送的病歷資料來分析,並侷限所詢問題回應(俗稱「不問不答」)。但在病家或法官的醫學知識有限或取證困難下,常覺得鑑定方式不利病家。